ตราสัญลักษณ์มูลนิธิสืบนาคะเสถียร เป็นรูปกวางผาโผนสู่เปลวเพลิง โดยมีใบไม้สีทึบประกอบขึ้นเป็นฉากราตรีประดับดาว ได้รับการออกแบบโดย คุณปัณยา ซึ่งเป็นเพื่อนสนิทคนหนึ่งของคุณสืบ นาคะเสถียร

องค์ประกอบของสัญลักษณ์ แทนความหมายถึงสิ่งต่างๆ ดังต่อไปนี้

ตัวอักษรมูลนิธิสืบนาคะเสถียร คือ กิ่งก้านที่ใบไม้นั้นผลิออกมา

กวางผา เป็นงานวิชาการสัตว์ป่าชิ้นแรกๆ ของ สืบ นาคะเสถียร

เปลวไฟ หมายถึง อุปสรรคที่จะต้องฟันฝ่า ชีวิตของนักต่อสู้ที่เด็ดเดี่ยวเหมือนกวางผา ซึ่งกล้ากระโดดผ่านเปลวเพลิงลงสู่ลำนํ้า

ดวงดาว หมายถึง จักรวาลและวัฏจักรแห่งธรรมชาติ เส้นทางแห่งกาลเวลาซึ่งประกอบ ไปด้วยอดีต ปัจจุบัน และอนาคต

ใบหญ้าด้านล่าง หมายถึง ที่อยู่ของกวางผาเป็นสิ่งแวดล้อมโดยธรรมชาติซึ่งเกื้อกูลชีวิต

ยอดแหลมสุดของใบไม้เป็นรูปทรงใบปอสา หมายถึง ป่าไม้บนยอดดอยและที่ออกแบบให้ริ้วลายทั้งหมดมีลักษณะเป็นตัวกนก
ก็เพื่อให้เห็นว่าศิลปะนั้นงอกงามมาจากธรรมชาตินั่นเอง